Unter den Handelspartnern der Schweiz in der EU belegt Tschechien bei den Importen in die Schweiz den zehnten, bei den Exporten den elften Rang, wobei bei den „neuen“ Mitgliedstaaten Tschechien auf Platz eins betreffend Importe und betreffend Exporte hinter Polen auf Platz zwei liegt. Gemäss tschechischen Statistiken lag die Schweiz 2009 mit einem Anteil von 1.6% an 14. Stelle der tschechischen Exportpartner. An den tschechischen Importen hatte sie einen Anteil von 1.2% und lag damit auf Rang 17.

2009 exportierte Tschechien in die Schweiz vor allem Fahrzeuge/Flugzeuge (Anteil am Gesamtvolumen 21.3% / Veränderung gegenüber dem Vorjahr -13%) nicht-elektrische (31.4% / +27.7%) und elektrische Maschinen (15.6% / -23.2%) und unedle Metalle und Waren daraus (8.1%/-25.5%). Es importierte pharmazeutische Erzeugnisse (Anteil 23.2%, Veränderung -2.4%), nicht-elektrische (15.9% / -33.1%) und elektrische Maschinen (11.9% / -29.4%), und unedle Metalle und Waren daraus (8.5% / -24.3%).

Im Jahr 2009 war der bilaterale Handel erstmals rückläufig: Die Schweiz importierte aus Tschechien Waren im Wert von 1698 Mio. CHF, 6.4% weniger als im Vorjahr. Tschechien importierte für 1477 Mio. CHF Waren aus der Schweiz, 20.3% weniger als 2008. Damit fiel die Handelsbilanz, die im Vorjahr praktisch ausgeglichen war, erstmals zu Gunsten Tschechiens aus.

Mit einem Anteil von 4.2% der kumulierten Investitionen seit 1998 lag die Schweiz 2009 auf dem sechsten Platz. Es fällt auf, dass sie sich Jahr für Jahr nach vorn gearbeitet hat. Eventuell stammen nicht alle dieser Gelder ausschliesslich aus der Schweiz, sondern werden über den Finanzplatz Schweiz geleitet und in der Statistik als „schweizerisch“ erfasst. Unter den 10 grössten Investoren des Jahres 2009 ist die Schweiz allerdings nicht vertreten.

Die wichtigsten „traditionellen“ Investoren aus der Schweiz sind ABB, Atel/Alpiq, Holcim, Lonza, Nestlé, Rieter, Ringier, Novartis und Vetropack. Dazu haben sich zahlreiche KMUs, vor allem der Maschinenbranche, in Tschechien niedergelassen. Insgesamt sind etwa 300 schweizerische Unternehmen in der tschechischen Republik tätig, wovon etwa 100 eine Produktionsstätte und die anderen eine Vertretung betreiben. Der überwiegende Teil der Schweizer Firmen in Tschechien wird von Tschechen geleitet.